La prima onorificenza gli viene conferita dal Consiglio comunale lo stesso anno del suo arrivo a Cuenca in ragione delle spiccate doti musicali. In particolare, per la composizione di una marcia militare intitolata Tomebamba. La Medaglia Municipale gli viene appuntata sul petto il 3 novembre 1923.
Nel 1935, il governo lo nomina commendatore e gli conferisce una medaglia d’oro.
Nel 1946, durante il mandato del sindaco Luis Moreno Mora, sarà il primo a ricevere la medaglia del Municipio di Cuenca. Secondo l’ordinanza, tuttora in vigore, l’onorificenza viene concessa al cittadino originario o domiciliato a Cuenca che si sia distinto per un comportamento civico esemplare, arrecando servizi rilevanti alla città. (Il premio sarà ratificato mediante una nuova ordinanza approvata il 9 ottobre 1984). Il riconoscimento gli sarà consegnato il 3 novembre.
Nel corso del mandato del sindaco Luis Cordero Crespo, la città di Cuenca si accinge a celebrare solennemente i quattrocento anni dalla fondazione spagnola attraverso diversi eventi preparatori che giungono a compimento nel 1956. Tra questi la proclamazione di Carlo Crespi quale “Figlio illustre di Cuenca”. Egli viene inoltre insignito dal governo di una medaglia d’oro al merito. Nel ringraziare per il prestigioso riconoscimento, affermerà: “Eccellenza, padre Crespi non cerca medaglie, ma pane, riso, zucchero per i bambini poveri”. Il 20 marzo 1956 il Governo gli conferisce la Medaglia d’oro al Merito Educativo di prima Classe.
Il 3 novembre 1956 il Comune di Cuenca lo nomina “Figlio Adottivo e Benemerito della Città”. Nel stessa data il Governo gli conferisce la Medaglia d’oro al merito.
Il 7 novembre dello stesso anno riceverà la nomina di Canonico Onorario. Il testo della risoluzione recita: “Noi, dottor don Manuel Serrano Abad, per grazia di Dio e della Santa Sede Apostolica, Vescovo Titolare di Arsinoe e Amministratore Apostolico di Cuenca dell’Ecuador. Al nostro amato figlio di Cristo, Reverendo padre Carlo Crespi, Salesiano di don Bosco. Salute e benedizione in Nostro Signore: La molto nobile città cristiana di Cuenca si appresta a celebrare il IV centenario della sua fondazione, dovendo stilare, consigliata dalla saggezza, un bilancio che renda giustizia ai propri valori, per adornarsi nel giorno della sua festa con le gioie più preziose e presentarsi con santo orgoglio a quanti la circondano, degna di ammirazione e approvazione. Noi, che per volontà di Dio Nostro Signore, presiediamo la Diocesi di Cuenca in un momento tanto solenne – per merito della tua umiltà ed in considerazione del tuo amore per la nostra città e dei servizi che hai prestato per diversi lustri, i migliori della tua vita salesiana, in ogni aspetto della fede e della cultura, rendendo giustizia per la gloria di Dio e onore della nostra Chiesa – dopo esserci consultati con il Nostro Reverendissimo… Capitolo Cattedrale ed aver ottenuto il consenso dei Superiori del tuo Istituto, […] ti nominiamo Canonico Onorario della nostra Santa Chiesa Cattedrale e, pertanto, ti vestiamo della mozzetta che onorò González Suárez e Matovelle e ti assegniamo un posto tra gli scanni su cui sedettero i più illustri sacerdoti di questo paese.
Tu, apostolo della scuola, accogli sotto il manto sacerdotale la diseredata e agitata infanzia, cercando per essa istruzione, pane e vestiario a costo di innumerevoli e segreti sacrifici.
Tu, fondatore e custode del primo e unico teatro cattolico della nostra città, dal quale il tuo eccezionale talento e il tuo spirito dinamico si prodigano per acculturare cristianamente il popolo.
Tu, Sacerdote Modello che tieni più allo spirito che alla terra e che trascorri giorni e notti nel santuario della Regina Ausiliatrice quale anima del confessionale, accogliendo tutti come Cristo per compiere la misteriosa resurrezione delle anime.
Tu, insigne interprete della musica religiosa, capace di adattare la tua arte all’anima della gente, [hai] ricolmato con l’eco delle sue mistiche armonie gli ambiti della nostra Diocesi e di tutta la Repubblica Ecuadoriana”.
Padre Crespi riceve l’onorificenza con umiltà e anche con una certa dose di humour che a volte trapela con naturalezza: “Cosa diranno i miei ragazzi nel vedermi vestito e fasciato di rosso?”.
Il 12 febbraio 1962 viene nominato membro dell’Istituto Interamericano.
Il 7 marzo 1965, il governo militare gli conferisce la Medaglia d’Oro al Merito Educativo di Prima Classe, che accetta di buon grado aggiungendo una riflessione: “Le mie medaglie d’oro sono i miei ragazzi poveri”. Il quotidiano El Mercurio ne dà notizia nei seguenti termini. “A mezzogiorno di oggi, il signor Ministro dell’Istruzione Humberto Vacas Gomez insignirà il Rev.do p. Carlo Crespi, Salesiano di don Bosco, della Decorazione al Merito Educativo di Prima Classe, quale riconoscimento dell’opera instancabile realizzata dal benemerito sacerdote per il bene dell’istruzione dell’infanzia di Cuenca, con particolare attenzione per i più disagiati, mediante la fondazione e la conservazione dell’Istituto Cornelio Merchán”. La cerimonia ha luogo nei locali del Collegio Tecnico Salesiano, a partire dalle undici e trenta della mattina. L’istituto predispone un programma speciale per conferire solennità all’evento, definito “un atto giudicato in totale onestà, poiché il Rev.do p. Carlo Crespi ha donato tutto se stesso per l’istruzione dei bambini di Cuenca”. Il 12 aprile 1974 il Comune gli intesta una via.
Il 12 aprile 1978 il Comune gli conferisce la decorazione de “Santa Ana de los Rìos de Cuenca”.
Il 9 gennaio 1982 (a 80 giorni dalla morte) il Presidente Pertini gli conferisce il titolo di Commendatore della Repubblica Italiana.
Il 27 gennaio 1989 gli viene eretto un gruppo scultore dell’artista Wòlfram Palacio nella piazza Guayaquil, con la seguente targa: “All’Apostolo dei Poveri Padre Carlo Crespi Croci, db, Pastore e Guida dei ragazzi”.
L’8 agosto del 2000 viene dichiarato il “Cuencano più illustre del secolo xx”.
Il 30 aprile 2001 dall’Università Politecnica Salesiana gli viene conferita la “Laurea Honoris Causa post mortem”.